TM-align结果的PDB ID和链ID
在 TM-align 的结果文件中(TM-align蛋白质聚类数据格式转化-CSDN博客),8p0k_H
中的 H
通常是指 PDB链ID,也就是 pdb_strand_id。这一字段用于指代PDB结构文件中蛋白质的特定链。
- PDB ID:前四个字符
8p0k
是该蛋白质结构在 PDB 中的识别码。 - 链ID:
H
是该结构中对应的链ID,通常与 mmCIF 文件中的pdb_strand_id
对应。
pdb_strand_id
和 asym_id
的区别:
-
pdb_strand_id:是历史上由 PDB 数据库定义的链标识符,用于区分同一PDB文件中不同的链(可以是多肽链或核酸链)。这是结构解析过程中最常见的链标识符。
-
asym_id:是 mmCIF 格式中使用的一个标识符,表示非对称单元的标识符。它通常表示结构中的一个独立的多肽或核酸链,并用于细致描述每个非对称单元的内容。
在 TM-align 的结果中,由于其主要处理的是PDB文件,因此 8p0k_H
中的 H
是指 pdb_strand_id,而非 asym_id。