下拉菜单实现树状结构_motifStack | 绘制motif序列结构图
我们在日常分析中，有时候会比较不同物种间motif序列的保守性。今天小编教大家使用R包“motifStack ”绘制美观的motif序列结构图！
## 安装R包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("motifStack")安装好R包后，我们就可以准备输入文件啦~
比如我想绘制拟南芥中HSF结合的motif结构。
在JASPAR（JASPAR 2020: An open-access database of transcription factor binding profiles）中搜索“HSF”。
找到自己感兴趣的motif，点击ID号。
下载JASPAR 格式的矩阵。
我们需要将它处理成以下格式（空格分隔），并命名为"motif_ID.pcm"。
如果你想展示你自己鉴定的motif结构的话，可以使用小编写的脚本（https://github.com/biozhp/motifStack_input）。
使用脚本前需要准备两个输入文件：
输入文件一：mofit序列（第一列为ID，第二列为序列，Tab分隔）。
输入文件二：mofit ID。
## 输入mofit序列, motif ID及输出文件位置
sh ./run.sh motif.seq motif.id out_path执行脚本完毕后即可获得矩阵文件，开始绘制motif序列结构图。
## 加载R包
library("motifStack")
## 导入motif文件
pcm <- read.table("input.pcm")
## 生成motif矩阵
pcm <- pcm[,3:ncol(pcm)]
rownames(pcm) <- c("A","C","G","T")
motif <- new("pcm", mat=as.matrix(pcm), name="bin_SOLEXA")
## 生成图形
plot(motif)
如果你想绘制多个motif序列图，可以将所有的motif矩阵文件放入一个文件夹中。
## 导入motif文件
motifs<-importMatrix(dir(path ="your_folder_name", full.names = TRUE))
## 生成图形
motifStack(motifs, layout="stack", ncex=1.0)
## 添加树状图
motifStack(motifs, layout="tree")
除了绘制这些图，我们还可以用“motifStack ”绘制多种多样的motif序列结构图。
小编这篇只是抛砖引玉，剩下的就要靠大家按照自己的需求参考Manual去实现啦~
参考资料：
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/motifStack/inst/doc/motifStack_HTML.html
MotifStack： motif 可视化 （ 师兄的公众号，欢迎关注！)
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