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【基因功能富集2：分析流程】非模式生物怎么注释 clusterProfiler包GO、KEGG

news 来源：原创 2024/9/29 7:24:34

文章目录

    • 概要
    • 整体流程
    • step1 百度搜索注释物种--拉丁文名称
    • step2 注释官网搜索--该物种对应库--编号
    • step3 正常注释 即可

概要

不常见的物种如何进行富集分析？？

整体流程

提示：

step1 百度搜索注释物种–拉丁文名称

提示：拉丁文名要准确

例如：[百度茶树](https://baike.sogou.com/v87233.htm?ch=frombaikevr&fromTitle=%E8%8C%B6%E6%A0%91）

在这里插入图片描述

step2 注释官网搜索–该物种对应库–编号

官网：https://www.genome.jp/kegg/tables/br08606.html
Ctrl +f : 页面搜索Camellia sinensis

在这里插入图片描述

library(clusterProfiler)library(AnnotationHub)
hub <- AnnotationHub() #较慢
query(hub, "Camellia sinensis")
db <- hub[["AH100818"]]
organism <- "csin"   #看官网有物种简称

在这里插入图片描述

step3 正常注释 即可

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