孟德尔随机化--痛风与饮食
写在前面
再看两篇吧，看看有没有啥思路
文章
The comparative effect of exposure to various risk factors on the risk of hyperuricaemia: diet has a weak causal effect
IF：4.4中科院分区:2区 医学WOS分区：Q1
结论
饮食在确定血清尿酸盐水平和 高尿酸血症方面的作用相对较小。在痛风中，ULT（降尿酸治疗）的使用是测试高尿酸血症的最大归因分数。
人群归因分数是什么？
人群归因分数（population attributable fraction， PAF）是指人群中可归因于特定危险因素的结局的病例比例，包括暴露的患病率和效应量[30]。单个疾病的多个危险因素的 PAF 总和不限于 100%，因为一个结果可能在整个人群中具有多种风险路径。
人群归因分数的计算需要暴露与结局都为二分类变量。计算方式为：For the various exposures, the PAF calculation was (frequency of exposure in cases) × (ORExposure – 1)/ORExposure) [36]. Odds ratios for the risk of HU for these exposures were calculated in a logistic regression multivariable model including all other environmental and endogenous exposure variables and SLC2A9 rs12498742 genotype—this variant was chosen for individual focus because of its large effect on serum urate levels。
还引入到一个平均可归因分数 （AAF），针对所有其他暴露变量和 rs12498742 基因型进行调整。可使用R中的averageAF计算。
结果
各种PAF及AAF
男性的 PAF 和 AAF 最大，超重或肥胖的测量值位居第二，遗传 SLC2A9 rs12498742 A 等位基因的影响位居第三。队列 2 和队列 3 的危险因素排名相同（性别> BMI > rs12498742 >饮食依从性>饮酒>利尿剂治疗>年龄），而队列 1 将相同的三个危险因素排在第一位（性别> BMI > rs12498742），然后在其余四个危险因素（利尿剂治疗>饮食依从性>年龄>饮酒量）的排名不同。
在痛风队列中，缺乏降尿酸治疗的PAF第二大，为63.2%，仅次于性（76.7%）.BMI 和 SLC2A9 rs12498742 的 PAF 低于非痛风队列（非痛风组为 57% 至 69%，痛风组为 48% 至 49%），非痛风组（队列 3）不遵守健康饮食金字塔指南的比率为 21.4%，痛风组为 11.8%。平均可归因分数值也显示出类似的趋势
在非痛风队列的性别分层分析中，女性rs12498742的PAF为77.7%至96.4%，而男性为49.2%至58.9%（表S1）。在所有队列中，酒精不是女性的危险因素，也不是队列2和队列3中男性年龄的危险因素，也不是痛风（表S1;95%CI包含1.0）。这两个队列来自英国生物样本库招募的年龄下限为40岁，这可能影响了计算。
在非痛风队列中，GWAS评估了30个遗传非依赖性血清尿酸盐相关遗传变异（表S2），其中SLC2A9 rs12498742变异最大，PAF范围为28.5%至32.1%，AAF范围为22.0%至23.5%。为了进行比较，我们对遗传变异的PAFs进行了求和，假设变异体彼此独立地影响高尿酸血症风险，单个PAFs的总和>为141%（队列1为146.2%，队列2为143.7%，队列3为141.3%）。将 AAF 相加（相当于上文 PAF 的总和）导致所有三个队列的总 AAF 总和 87%（队列 1 为 97.9%，队列 2 为 87.1%，队列 3 为 101.6%）。痛风队列的高尿酸血症遗传变异的总归因分数要低得多（PAF为77.6%，AAF为44.0%），可能反映了选择偏倚。
孟德尔随机化部分
（优先饮用脱脂牛奶和优先饮用脂肪含量较高的牛奶）、食用桶装人造黄油和每日食用干果与提高尿酸有因果关系（红线部分）。这四种饮食习惯共包含39个SNP，16个与BMI相关。为了证明是BMI影响了饮食习惯再影响了尿酸，做了多变量孟德尔。做完多变量孟德尔后，这四种饮食习惯均与尿酸无因果关系（黑线部分）。此外，死忠饮食习惯与BMI存在双向因果关系，表明二者存在相关多效性，这坑表明 BMI 和四种饮食习惯是强相关的特征或通过共同途径起作用，并且这四种饮食习惯对尿酸盐水平没有影响，与 BMI 无关。
写在后面
相关内容也发布在微信公众号“失意的生信小菜狗”，b站上还有之前发给的生信入门课（搜索“至-山水有相逢”）。