ChimeraX - 命令 morph 动态显示多组 PDB 坐标 模拟 MD 状态
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在 分子动力学(Molecular Dynamics,MD) 模拟时,多组蛋白质三维结构的坐标,存储至同一个 PDB 中,默认加载至 ChimeraX,直接,静态显示 多组坐标,即:
如果需要动态显示,则需要使用 morph
命令。在 ChimeraX 中,可以使用 morph
命令动态显示和操作多组 PDB 坐标,创建在两个或多个原子模型之间变形的轨迹。 使用 morph
命令的示例:
morph #1 frames 40
将 模型#1
创建 40 帧的轨迹。 在变形之前,叠加原子模型,确保正确对齐。
使用 rainbow
命令,可以调整 PDB 的不同部分使用不同颜色,更好的观察 MD 的模拟过程,例如:
rainbow #2
例如: