busco安装
mamba create -n BUSCO biopython=1.79
conda activate BUSCO
mamba install -c bioconda python=3.8 sepp=4.3.10
mamba install -c bioconda busco=5.7.1
busco
使用
#下载数据库（2024-01-08）
busco --download all
export NUMEXPR_MAX_THREADS=90
busco -i ${x} -o ${numx} -l /home/zhongpei/busco_downloads/lineages/bacteroidia_odb10/ -m genome -c 90 --offline
checkM2安装
git clone --recursive https://github.com/chklovski/checkm2.git && cd checkm2
conda env create -n checkm2 -f checkm2.yml
conda activate checkm2
python setup.py install
checkm2 -h
使用
#浏览器下载
https://zenodo.org/records/5571251
#运行
checkm2 predict -i ./folder_with_MAGs -o ./output_folder --database_path /path/to/database/CheckM2_database/uniref100.KO.1.dmnd -t --remove_intermediates -x .fa
