网络药理学：分子对接之二：PDB数据库的使用（已知PDB ID）、PubChem数据库如果没有3D结构
PDB数据库使用
官方地址：https://www.rcsb.org/
首页如下：
我们以热休克蛋白HSP90AA1为例，其PDB ID为7DHG，所以我们在搜索栏输入7DHG：
主要关注红框里的几个地方。
Download下载文件，一般选择PDB Format即可Released发表时间Method一般只有X-Ray（X射线）和NMR两种。其中X射线最常见也最好Resolution分辨率相关的指标，越小说明分辨率越高。一般小于2A就足够好了，具体看论文的指标。
再往下翻，主要看该蛋白有几条链，并且右下角Go to UniProtKB可以直接跳转到UnitProt数据库
可以看到，这里该蛋白是有两条链的。
同时，对于一些有小分子的蛋白也最好看看相关信息，这里我展示另一个7A2O示例：
一般要记住这里的ID，在处理蛋白的时候要去除。
PubChem数据库如果没有3D结构
PubChem数据库如果没有3D结构，只有2D结构的SDF，我们可以下载Chem3D软件，将2D结构的SDF文件导入进去，并且Calculations/MM2/Minimize Energe实现能量最小化。
但是该软件只有windows版本，属于ChemOffice全家桶的一部分，资源比较难找。
推荐直接去其他数据库再找找小分子配体的mol2结构。
然后再通过OpenBabel/mgltools转化为pdbqt的格式。