R语言【paleobioDB】——pbdb_map_occur()：通过化石分布记录，创建一个RasterLayer对象，和一个显示取样力度的图
Package paleobioDB version 0.7.0
paleobioDB 包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDB v1 API。
可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。
Usage
pbdb_map_occur (data, res=5, col.int="white", col.ocean="black",
col.eff=c("light blue","blue"), do.plot=TRUE, ...)Arguments
参数【data】：输入的数据，数据帧格式。可以通过 pbdb_occurrences() 函数 传参 show = “coords” 获得数据。
参数【res】：RasterLayer 对象的分辨率（以度为单位）。详见 raster。
参数【col.int】：大陆的颜色。
参数【col.ocean】：大洋的颜色。
参数【col.eff】：两种及以上颜色。用来在地图上通过渐变色展示化石记录点。
参数【do.plot】：逻辑值。为 TRUE 时，此函数返回一个 RasterLayer 对象和一个图像。
参数【...】：其他参数。详见 par 和 map。
Details
使用 pdbd_occurrences() 函数时必须传入 show=“coords”。
Value
返回一个 RasterLayer 对象，还有一个显示取样力度（每个栅格中化石记录数量）的图像。RasterLayer 对象的分辨率由 参数【res】 控制。默认的分辨率为 1。
Example
data<- pbdb_occurrences (limit="all", vocab= "pbdb", base_name="Canis",
show="coords")
X11(width=13, height=7.8)
pbdb_map_occur (data,res=2)
## to obtain the raster file without plotting it
pbdb_map_occur (data,res=3,do.plot=F)Page
function (data, res = 5, col.int = "white", col.ocean = "black", col.eff = c("light blue", "blue"), do.plot = TRUE, ...)
{if (sum((colnames(data) %in% c("lat", "lng"))) != 2) {stop("Invalid data input. Please, add show=c('coord') to your pbdb_occurrences query")}Y <- .extract.LatLong(data)r <- .Raster(Y, res, col.int, col.ocean, ...)if (do.plot == T) {.plot.Raster.rich(r, col.eff, col.ocean, col.int, res, ...)mtext("Number of records", 4, line = -1, cex = 2)}r
}