ggplot画梯度颜色图 不同颜色 对seurat的细胞类型进行inflammatory 炎症打分 addmodule
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炎症基因从https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/genesets.jsp?collection=H 得到
inflammatory_gene=read.xlsx(“G:/silicosis/sicosis/silicosis_ST/yll/0214/harmony_cluster/HALLMARK_INFLAMMATORY_RESPONSE.xlsx”)
head(inflammatory_gene)
library(Hmisc)
inflammatory_gene=capitalize(tolower(inflammatory_gene$gene_symbol))
inflammatory_gene=list(inflammatory_gene)
#对给定的基因集合进行打分
All.merge=AddModuleScore(All.merge,
features = inflammatory_gene,
name = “inflammatory_gene”)
#结果保存在这里
colnames(All.merge@meta.data)