【单细胞高级绘图】08.细胞通讯_两组比较_气泡图
细胞通讯分析，我很早之前就写过，当时详细介绍了CellPhoneDB的原理、实操、可视化。 单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇) 单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)
今天说的这个问题还是很常见的：「在进行细胞通讯分析之后，如何比较两组的受配体对的差异？」 如果你的数据包含两个以上的组别，大概率是要做这个事情的。
CellPhoneDB这个软件很简单(这也是用得多的原因)，在几组数据分别运行之后，是不能直接比较的。我之前的做法是电脑打开两个图，对照着看，有些费时费力。
所以后来，想了一种方法，就是把两张图重叠起来，计算一个"图一相较于图二差异大小的指标"，就只用看一张图了。
就比如这张图，在Old组做完cellphonedb之后，能得到表示受配体表达的mean；同样地，Young组也能得到表示受配体表达的mean。（在对应的两个p值满足一定条件下）这两个值相除，就能表示两组的差异了。
#这一个代码仿照cellphonedb的图，即气泡图
#我之前讲cellphonedb的帖子，也采用了这种图，见：
#单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)
source("CCC_compare.R")
### 必要参数
CCC_compare(group1.name = "Old",group2.name = "Young",
group1.pfile = "cellphonedb/Old/pvalues.txt",group1.mfile="cellphonedb/Old/means.txt",
group2.pfile="cellphonedb/Young/pvalues.txt",group2.mfile="cellphonedb/Young/means.txt",
p.threshold = 0.01,thre=1,
plot.width=105,plot.height=110,filename = "test1_"
)
### 额外参数
# 比如，这里我想展示EC细胞分别充当cellA和cellB的图
# 也可以指定gene pair
CCC_compare(group1.name = "Old",group2.name = "Young",
group1.pfile = "cellphonedb/Old/pvalues.txt",group1.mfile="cellphonedb/Old/means.txt",
group2.pfile="cellphonedb/Young/pvalues.txt",group2.mfile="cellphonedb/Young/means.txt",
p.threshold = 0.05,thre=1,
#gene.pair = NULL,
cell.pair=c(
paste0("EC|",c("APC","SMC","Mac","DC","Neutrophil")),
paste0(c("APC","SMC","Mac","DC","Neutrophil"),"|EC")
),
plot.width=18,plot.height=30,filename = "test2_"
)
获取代码
这个系列都会采取「限时公开」的方式共享代码，24小时内是免费的。超过这个时间如何获取，后台回复2022A可知。
代码和测试数据的网盘链接如下: 链接：https://pan.baidu.com/s/1fTP-HGgusjdPTxtYtrqb4A 提取码：zv7n
觉得代码有用的话，可以给个三/二/一连（文末点赞、分享、点下小广告）
预告
下一期代码还是两组比较，还是基于CellPhoneDB，可以用连线清晰展示ligand-receptor的关系，敬请期待。
